Malaysia mencatat markah 52/100 (makin tinggi makin kurang rasuah); ini menjadikan Malaysia negara kedua "paling bersih" di Asia Tenggara, yang ke-9 daripada 28 negara APAC dan yang ke-50 daripada kesemua 175 negara yang dikaji.

Transparency International menyebut cabaran-cabaran utama bagi Malaysia seperti berikut:

1. Pembiayaan politik dan kempen: Dermaan dari syarikat mahupun individu kepada parti dan calon politik tidak dihadkan di Malaysia. Parti-parti politik juga tidak diwajibkan untuk melaporkan mengenai dana-dana yang dibelanjakan sewaktu kempen pilihan raya. Oleh kerana itulah parti pemerintah Malaysia selama lebih 55 tahun mempunyai dana yang jauh lebih banyak daripada parti-parti lain. Ini secara tidak adilnya menjejaskan kempen di pilihan raya peringkat persekutuan dan negeri serta mampu mengganggu keseluruhan fungsi sistem politik demokrasi.
2. “Pintu putar”: Individu sering berulang alik antara kerja sektor awam dan swasta di Malaysia. Keadaan sebegini yang diberi jolokan ‘pintu putar’ ini membolehkan kerajaan untuk berigat aktif dalam ekonomi serta hubungan sektor awam dengan swasta menjadi tidak jelas. Risiko rasuah tinggi dan memantau interaksi sektor awam dan swasta kian sukar, juga membolehkan rasuah berlaku bebas dari hukuman. Satu lagi faktor yang menekankan ketidakjelasan antara kepemilikan sektor awam dan korporat swasta ialah bahawa Malaysia juga merupakan contoh yang jarang ada mengenai negara di mana parti-parti politik tidak disekat daripada memiliki perusahaan korporat.
3. Akses kepada maklumat: Setakat April 2013, tiadanya Akta Kebebasan Maklumat peringkat persekutuan. Namun begitu, hanya negeri Selangor dan Pulau Pinang yang telah meluluksan perundungan kebebasan maklumat, itu pun masih banyak halangan. Jika akta kebebasan maklumat persekutuan didrafkan ia akan bercanggah dengan Akta Rahsia Rasmi, yang mana sebarang dokumen boleh sahaja diklasifikasikan sebagai rahsia dan oleh itu terkecuali daripada akses awam dam bebas dari kajian semula kehakiman. Undang-undang tambahan seperti Akta Mesin Cetak dan Penerbitan, Akta Hasutan 1948 (yang kemudian digantikan dengan Akta Keharmonian Negara), dan Akta Keselamatan Dalam Negeri 1969 juga mengharamkan penyebaran makumat rasmi dan pesalah boleh dikenakan denda atau hukuman penjara.[4] Malaysia mengalami penipuan korporat dalam bentuk kecurian harta intelek.[5] Meluasnya pengeluaran barang lancung seperti produk IT, alat-alat kereta dan sebagainya.

Pada 2013, Malaysia dinyatakan dalam tinjauan Ernst and Young sebagai antara negara paling korup di rantau menurut persepsi tokoh-tokoh perniagaan dari luar negara, di samping negara-negara jiran dan negara China. Tinjauan ini bertanya sama ada terdapat kemungkinan bahawa setiap negara akan mengambil jalan pintas untuk mencapai sasaran ekonomi.[6]